Chi phí được trừ theo luật mới: lỏng hơn và chặt hơn

So với luật năm 2008, Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) năm 2025 bổ sung nhiều khoản chi phí được trừ. Tuy nhiên, trong số đó có một số khoản chi được “luật hóa” từ các văn bản dưới luật. Bài viết này chỉ tập trung phân tích các khoản chi thực hiện mới so với pháp luật hiện hành.

Bổ sung khoản chi được về khoa học và công nghệ

Theo Luật Thuế TNDN năm 2025, các khoản chi liên quan đến khoa học và công nghệ (KHCN) được thực hiện thông qua trích lập quỹ khoa học và công nghệ. Tuy nhiên, nếu quỹ này chi không hết 70% theo thời hạn quy định thì phải nộp thuế TNDN bổ sung và bị tính tiền lãi.

Luật mới đã bổ sung vào chi phí được trừ trực tiếp cho khoản chi về nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ và đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số. Hơn thế, luật còn cho trừ “chi phí bổ sung theo tỷ lệ phần trăm tính trên chi phí thực tế phát sinh trong kỳ tính thuế liên quan đến hoạt động nghiên cứu và phát triển” của doanh nghiệp. Tức là, doanh nghiệp được trừ nhiều hơn chi phí thực tế phát sinh.

Cơ chế trừ vượt (super-deduction) này lần đầu tiên xuất hiện trong Luật Thuế TNDN, đồng bộ với Luật Công nghiệp công nghệ số và Luật KHCN và đổi mới sáng tạo cũng vừa được Quốc hội thông qua. Tại Trung Quốc và một số nước thuộc Liên minh châu Âu (EU), cơ chế trừ vượt này đã được áp dụng nhằm thúc đẩy các hoạt động nghiên cứu và phát triển (R&D). Hiện nay, dự thảo Nghị định hướng dẫn Luật Thuế TNDN đang đưa ra mức được trừ là 200% chi phí thực tế, bằng với mức Trung Quốc áp dụng từ năm 2023.

Tuy nhiên, thực tiễn quốc tế cũng ghi nhận nhiều rủi ro bị lạm dụng. Tại Anh, trong giai đoạn 2020-2024, cơ quan thuế (HMRC) ước tính có hơn 4,1 tỉ bảng Anh bị mất do gian lận và sai sót trong trợ cấp thuế R&D. Một số trường hợp cực đoan như quán rượu kê khai ưu đãi vì cải tiến thực đơn. Ngược lại, cũng có những khoản đầu tư R&D thật lại bị đặt nghi vấn.

Do vậy, trong giai đoạn đầu áp dụng, khi quy định có thể còn chưa rõ ràng, phụ thuộc nhiều vào cách diễn giải của cơ quan thuế, doanh nghiệp nên áp dụng thận trọng, để tránh tranh chấp về sau.

Bổ sung một số khoản chi tài trợ được trừ

Trong giai đoạn đại dịch Covid-19, Quốc hội đã ban hành thêm các nghị quyết để cho phép tính trừ khoản chi ủng hộ, tài trợ phòng, chống dịch bệnh. Bên cạnh đó, Luật Di sản văn hóa và Luật KHCN và đổi mới sáng tạo cũng có các quy định ưu đãi, khuyến khích việc hỗ trợ, tài trợ cho văn hóa, KHCN nhưng thiếu các quy định rõ ràng để tính được vào chi phí được trừ.

Để khắc phục các bất cập này, Luật Thuế TNDN năm 2025 đã bổ sung thêm ba khoản chi tài trợ mới so với pháp luật hiện hành, gồm: (1) tài trợ cho văn hóa; (2) tài trợ cho phòng, chống, khắc phục hậu quả thiên tai, dịch bệnh; (3) tài trợ cho phát triển công nghệ và đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số (hiện chỉ có tài trợ cho nghiên cứu khoa học).

Theo đó, doanh nghiệp được động viên, khuyến khích hơn trong việc thực hiện các trách nhiệm xã hội. Đặc biệt, luật mới áp dụng cho toàn bộ năm tài chính 2025 nên các doanh nghiệp có thể được trừ cả các khoản tài trợ phát sinh từ đầu năm.

Tuy nhiên, tại các quốc gia phát triển, đã ghi nhận nhiều hành vi lợi dụng, tiêu biểu như: “inflated fair market value” (thổi phồng giá trị thị trường) và “return benefit to donor” (lợi ích hoàn lại cho bên tài trợ). Ví dụ, tại Canada, luật thuế đưa ra khái niệm “tax shelter”, cảnh báo việc bên tài trợ kê khai lợi ích thuế nhận được lớn hơn giá trị thực. Tại Anh, quy định “tainted charity donations” loại bỏ ưu đãi thuế khi bên tài trợ nhận lại lợi ích tài chính từ bên nhận tài trợ.

Những vấn đề này xảy ra nhiều hơn với tài trợ cho nhân đạo và văn hóa do: (i) một số hiện vật tài trợ khó định giá, như cổ vật, tác phẩm nghệ thuật; (ii) tài trợ cho sự kiện văn hóa/từ thiện thường có kèm theo quyền lợi về quảng bá thương hiệu. Vì vậy, cơ quan thuế thường sẽ lưu ý vấn đề này trong thanh, kiểm tra thuế. Doanh nghiệp nên thận trọng trong áp dụng hoặc thực hiện theo tư vấn thuế khi tận dụng các giảm trừ tài trợ này.

Cho phép trừ khoản chi chưa tương ứng với doanh thu

Hiện nay, pháp luật về thuế TNDN quy định chi phí không tương ứng với doanh thu tính thuế thì không được trừ. Trong thời gian qua, quy định này được cơ quan thuế áp dụng với một quan điểm rất chặt.

Ví dụ, khoản chi không phát sinh từ hợp đồng trực tiếp với doanh nghiệp, như hỗ trợ, khen thưởng cho nhân viên của đại lý hoặc đại lý cấp 2 đều bị xét loại ra. Hoặc các khoản chi không tạo ra doanh thu (ví dụ chi phí đấu thầu không thành công) cũng không được trừ.

Luật mới đã nới lỏng nội dung này bằng việc cho phép Chính phủ quy định tính trừ đối với “khoản chi phục vụ sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp nhưng chưa tương ứng với doanh thu phát sinh trong kỳ”. Theo đó, dự thảo nghị định của Chính phủ đang đề xuất một số khoản chi cụ thể, như: chi phí đấu thầu, chi phí nghiên cứu thị trường, chi phí thuê đất/khấu hao khi chưa có khách thuê…

Quy định mới giúp cho các khoản chi không được trừ bám sát hơn thực tế kinh doanh. Doanh nghiệp sẽ bớt phải ngậm ngùi loại ra các chi phí thực tế phát sinh, không tránh khỏi trong hoạt động.

Tuy nhiên, trước sự đa dạng và biến động của môi trường kinh doanh, việc quy định theo hướng liệt kê “chọn cho” như dự thảo nghị định vẫn tiềm ẩn nguy cơ bỏ sót nhiều khoản chi phí hợp lý của doanh nghiệp. Để đảm bảo cân bằng giữa kiểm soát và linh hoạt, sẽ phù hợp hơn nếu Chính phủ giao cho Bộ Tài chính quy định các tình huống cụ thể.

Không cho tính trừ khoản chi trái pháp luật chuyên ngành

Danh mục khoản chi không được trừ trong luật mới xuất hiện một khoản chi quan trọng là “khoản chi không đáp ứng điều kiện chi, nội dung chi theo quy định của pháp luật chuyên ngành”.

Tuy nhiên, khái niệm “pháp luật chuyên ngành” lại chưa được định nghĩa rõ ràng, dẫn đến khả năng cơ quan thuế diễn giải theo hướng bao quát toàn bộ các lĩnh vực pháp luật khác, thay vì chỉ giới hạn ở những ngành có quy định đặc thù như tổ chức tín dụng, bảo hiểm, chứng khoán, hàng không, hay dầu khí. Theo cách hiểu này, doanh nghiệp phải đồng thời tuân thủ các quy định liên quan đến khuyến mại, quảng cáo, đấu thầu, bảo vệ quyền lợi người tiêu dùng, bảo vệ dữ liệu cá nhân, bảo vệ môi trường…

Trong bối cảnh hệ thống pháp luật Việt Nam còn tồn tại nhiều quy định chồng chéo và phức tạp, nguy cơ doanh nghiệp - đặc biệt là nhóm nhỏ và vừa (SME) - vô tình vi phạm hoặc mắc lỗi nhỏ là rất lớn. Điều này không chỉ làm gia tăng rủi ro về thuế mà còn đặt ra thách thức đáng kể về chi phí tuân thủ đối với các đơn vị chưa có hệ thống kiểm soát nội bộ và bộ phận pháp chế tuân thủ hoàn chỉnh.

Bên cạnh đó, cũng có thể có các tranh cãi về việc xác định quy phạm nào là “điều kiện chi, nội dung chi”. Chẳng hạn, pháp luật về thương mại yêu cầu phải đăng ký/thông báo chương trình khuyến mại thì đây có thể xem là điều kiện để chi khuyến mại không? Trên thực tế, Tổng cục Thuế (trước đây) từng có văn bản hướng dẫn rằng điều kiện để tặng quà cho khách hàng được tính vào chi phí được trừ là “phù hợp quy định của pháp luật thương mại”.

Ngoài ra, chế tài về thuế đối với vi phạm được áp dụng theo một mức duy nhất - không cho trừ chi phí - bất kể mức độ hay hậu quả vi phạm. Điều này chưa tương thích với nguyên tắc cơ bản của xử lý vi phạm hành chính, vốn yêu cầu phải căn cứ vào tính chất, mức độ và hậu quả của hành vi.

Đề xuất cho doanh nghiệp

Để chuẩn bị cho các thay đổi nêu trên, doanh nghiệp có thể triển khai ngay một số hoạt động như sau:

Thứ nhất, xây dựng lộ trình và triển khai rà soát lại các khoản chi từ đầu năm để điều chỉnh phân loại chi phí được trừ/không được trừ trên cơ sở các quy định tại Luật Thuế TNDN năm 2025 và văn bản quy định chi tiết. Việc thực hiện sớm giúp tránh công việc dồn dập vào cuối năm và trong giai đoạn quyết toán thuế, từ đó hạn chế các sai sót trong phân loại chi phí.

Thứ hai, thông qua hiệp hội ngành nghề hoặc phối hợp với các doanh nghiệp cùng lĩnh vực để kiến nghị cơ quan quản lý về các khoản chi đặc thù. Mặc dù dự thảo Nghị định hướng dẫn Luật Thuế TNDN năm 2025 đã hết thời hạn lấy ý kiến rộng rãi, dự thảo vẫn cần được Chính phủ thông qua. Vì vậy, các vấn đề đặc thù ngành vẫn có thể được phản ánh tới bộ quản lý chuyên ngành để góp ý với cơ quan soạn thảo.

Thứ ba, xây dựng sổ tay quản lý hoạt động R&D với các mẫu hồ sơ chuẩn, đáp ứng đồng thời quy định pháp luật về thuế và KHCN, và phân định rõ trách nhiệm lưu trữ hồ sơ cho đơn vị đầu mối. Điều này giúp doanh nghiệp chủ động chứng minh chi phí R&D khi làm việc với cơ quan thuế và các cơ quan kiểm tra khác.

Thứ tư, rà soát và lập hồ sơ rủi ro pháp lý của doanh nghiệp, trong đó xác định các rủi ro trọng yếu, dựa trên mức độ nghiêm trọng và tần suất xảy ra, từ đó đưa ra các biện pháp kiểm soát rủi ro. Đối với các rủi ro cao, doanh nghiệp cần có kế hoạch rà soát lại các khoản chi phí tương ứng để kịp thời phát hiện các vi phạm và kê khai thuế TNDN được chính xác.

Thứ năm, tham vấn ý kiến cơ quan thuế quản lý trực tiếp bằng văn bản đối với các quy định mới chưa rõ ràng, có thể có các cách hiểu khác nhau. Văn bản hướng dẫn của cơ quan thuế sẽ là căn cứ để doanh nghiệp được hưởng quyền miễn tiền phạt vi phạm hành chính, tiền chậm nộp khi thực hiện theo.

Tóm lại, Luật Thuế TNDN năm 2025 mở ra cơ hội để doanh nghiệp ghi nhận nhiều khoản chi vốn bị loại trước đây, phản ánh sát hơn thực tiễn kinh doanh. Tuy nhiên, “lỏng” ở phạm vi được công nhận không đồng nghĩa với “dễ” trong áp dụng. Đồng thời, doanh nghiệp sẽ phải đối mặt với các thách thức từ các quy định “chặt” trong tuân thủ pháp luật chuyên ngành. Lợi thế sẽ thuộc về những doanh nghiệp biết chủ động rà soát, chuẩn hóa hồ sơ và dự liệu được các tình huống pháp lý ngay từ bây giờ.